明嘉靖年间(1556年前后)，鹤年堂曾相继开设了五家分号，遂有"五鹤朝天"之称，老店作为总店仍在菜市口原址，严嵩之子严世藩题匾"西鹤年堂"。1929年，刘一峰执掌时期，曾在东安市场开设分店;1935年，又在西单开设了分店，在陶然亭首建了鹿苑和药圃，;1936年还在西安开设了分店，公私合营前1955年批准歇业。总店仍在菜市口。1956年公私合营前，鹤年堂在北京拥有菜市口总店、生产厂、东安市场分号、西单分号、陶然亭鹿苑、药圃等。

1956年公私合营初期，鹤年堂继续延续原有资产经营，总店仍在菜市口。1958年陶然亭地区城市改造，建立陶然亭公园，陶然亭鹿苑和药圃被关闭撤消。同一时期，东安市场分号和西单分号、中药生产厂又从鹤年堂的资产中划出，只剩下鹤年堂菜市口总店。

建国后，1956年公私合营，鹤年堂先后归属于北京市药材公司、宣武区一商局(即后来的宣武区百货管理处、宣武区百货公司)、宣武区医药药材总公司。鹤年堂在"文革"中改名为"人民中药店"，文革后更名为"宣武区菜市口中药店"，后又恢复鹤年堂字号。近年来，在政府的重视支持下，鹤年堂充分发挥中华老字号的优势，溯根源、挖祖方、重文化、求创新、树品牌，大力宏扬五千年中医药养生文化，开始了二次创业的历程，如今鹤年堂已发展成包括鹤年堂医药有限责任公司、鹤年堂中医药(养生)研究院、鹤年堂中医门诊、老年病防治中心、鹤年堂连锁药店、鹤年堂(吉林)参茸制品有限公司、鹤年堂(广东)中药材批发中心、鹤年堂科技发展有限公司、天津鹤年堂健康饮品公司、鹤年养生品牌推广项目管理机构等以中医药产业为龙头、以养生保健项目和产品为主，具有集团优势的综合性健康养生产业集团的发展之路。

1997年8月，在医药药材总公司的领导下，实现资产重组，将原鹤年堂药品经营公司，原广安门中西药品批发站，原牛街口药品批发站合并为现在的"北京市鹤年堂药品经营公司"，注册商标为"鹤年堂"鹤年堂药品经营公司是全资国有企业，地址在宣武区广内大街7号，法定代表人曹希久企业注册资金100万元，经营方式为批发兼零售，经营中药饮片、中成药、西药制剂、医疗器械等，该公司30人具有医药药学职称，鹤年堂药品经营公司其主要机构设置为一个批发部和六个零售门市部。

2002年实行现代企业制度改造，组建北京鹤年堂医药有限责任公司，注册资金(人民币)1000万元，第一任董事长为王胜利，董事长一职后由臧东坡担任。